液相色谱仪适于分析高沸点不易挥发的、受热不稳定易分解的、分子量大、不同极性的有机化合物；生物活性物质和多种天然产物；合成的和天然的高分子化合物等。
如果液相色谱仪柱压异常升高，很可能就是堵了，主要原因就是流动相里有杂质，杂质的主要来源就是细菌。一般的国产甲醇其实不需要额外过滤处理，直接使用没有问题。即使是有些固态微粒杂质，也能在液相流路系统前端的过滤头上排除，真正容易引起问题的，是水中的细菌。新制备的纯水在室内放置几天就会长菌，而这些细菌虽然肉眼不可见，却足以堵塞柱填料颗粒的空隙，造成色谱柱柱子很快报废。
堵了后不要着急，先要找到堵在了哪里，绝大多数情况下，整个系统只会有一个地方发生堵塞。查堵的方法是从尾向前逆向分段拆开，仔细观察压力数值，如果某一个部件（柱子除外）装上和拆下时的压力差别很大，可发展变化判断。至于色谱柱的堵塞，可以通过换同样规格的色谱柱的压力是否一致来判断。未经过滤的溶剂或溶剂瓶中生长的微生物都会降低溶剂入口过滤头的寿命，并影响泵性能.一般3个月清洗或更换。将溶剂入口管从过滤头和瓶盖组件处拨下，如果管线中充满溶剂，当过滤头性能良好时，溶剂会自由地从管中滴出．如果堵塞，就没有溶剂或只有很少量的溶剂从管中滴出，不要使用超声清洗溶剂入口过滤头，否则玻璃颗粒可能是破碎造成堵塞。
